De zesde kruistocht vindt plaats vanaf 1227, onder aanvoering van Frederik II. Aanleiding
Frederik II, keizer van het Heilige Roomse Rijk, pakt in 1215 het kruis op. Doordat hij zijn macht binnen zijn eigen gebieden wil stabiliseren komt het er niet van om op een kruistocht te gaan. Frederik II die ook heerst over Sicilië wil zijn invloed in Noord-Italië niet verliezen. De pausen willen hun invloed ook niet zien teruglopen. Er is dus constant een politiek spelletje aan de gang tussen de paus en Frederik II over de invloed in Italië. Frederik II kan het zich dus eigenlijk niet veroorloven om een kruistocht te maken. Maar omdat hij het kruis heeft opgenomen en zo aan de paus een kruistocht verschuldigd is, doet de paus in 1225 een beroep op Frederik II om zijn belofte te volbrengen. Frederik II weet door allerlei smoezen de kruistocht toch nog twee jaar uit te stellen, maar uiteindelijk in 1227 moet hij wel als de paus hem dreigt te excommuniceren.
De kruistocht
Bezig met de voorbereidingen voor de kruistocht en wanneer het grootste deel van zijn leger al op weg is naar Jeruzalem wordt Frederik II ziek. De paus denkt dat dit weer een van zijn smoezen is en excommuniceert hem. Frederik II die niet wil laten merken dat zijn macht op een of andere manier is ingeperkt negeert de excommunicatie. Wanneer genezen van de ziekte vertrekt ook hij naar Jeruzalem, wat hem een tweede excommunicatie oplevert. Zijn leger is inmiddels al bijna gehalveerd door zware stormen op de Middelandse zee en door conflicten met de Christelijke adel die regeren in het Kruisvaardersrijk en die de macht van Frederik II over hun gebieden, want ook hier maakt hij aanspraak op, niet willen erkennen. Als Frederik er eenmaal is aangekomen en hij een einde aan de conflicten heeft gemaakt is zijn leger dusdanig verzwakt dat als hij nu een oorlog tegen de moslims in Jeruzalem zou beginnen het zeker op een verlies zou uitlopen. Maar om toch geen gezichtsverlies te leidden rukt hij toch op naar Jeruzalem. Hij verovert Jeruzalem, maar weet dat het onhoudbaar is, dus hij gaat onderhandelingen aan met de moslims. Deze zijn ook onderling in conflicten betrokken en ook bij hen is een oorlog met de Christenen niet erg wenselijk. Het liep dus uit op onderhandelingen. De uitslag hiervan was dat de moslims Jeruzalem onder hun hoede kregen, maar dat de Christenen vrije doortocht hadden naar hun heilige bedevaartplaatsen. Beide partijen tevreden en Frederik keert weer thuiswaarts waar hij onderweg weer in een conflict komt met de Cypriotische adel, die ook een opstand tegen zijn heerschappij voert.