In de biologie is dat vooral het indelen van organismen in groepen op basis van hun natuurlijke verwantschap. Ook de termen systematiek en cladistiek worden wel gebruikt.

De biologische taxonomie gaat terug op Linnaeus in de 18e eeuw en was in eerste instantie gebaseerd op anatomische vergelijking van levende wezens, dieren, planten enz. Dit oorsponkelijke systeem leverde de volgende indeling op:

Nederlands	Latijn	Engels
Rijk	Regnum	Kingdom	primair
Stam	Divisio - Phylum	Division - Phylum	primair
Klasse	Classis	Class	primair
Orde	Ordo	Order	primair
Familie	Familia	Familiy	primair
Stam	Tribus	Tribe	secundair
Geslacht	Genus	Genus	primair
Sectie	Sectio	Section	secundair
Reeks	Series	Series	secundair
Soort	Species	Species	primair
Varieteit	Varietas	Variety	secundair
Vorm	Forma	Form	secundair

Wanneer de bovengenoemde taxons onvoldoende ruimte bieden tot verdere onderverdeling, dan kunnen de bestaande taxons met sub en super uitgebreid worden. Wanneer dit nog onvoldoende blijkt, dan kunnen extra taxons toegevoegd worden voor zover de duidelijkheid niet in het gedrang komt.

Er werd aangenomen dat soorten onveranderlijk waren. (zie ook binominale nomenclatuur)

Over deze indeling ontstond in de 19e eeuw veel discussie, omdat door de evolutietheorie van Darwin aan deze indeling een nieuwe dimensie, nl. die van stamverwantschap werd toegevoegd. Ook deed de studie van niet meer levende wezens (fossielen) zijn intrede. De factor tijd en de discussie omtrent op welk punt er sprake is van twee verschillende soorten werden belangrijke onderwerpen. De klassieke indeling bleek op veel punten niet te kloppen.

In de laatste jaren van de 20e eeuw kwam er een derde bron van informatie beschikbaar, nl. DNA-verwantschap, meestal van levende wezens, hoewel er ook enige recent uitgestorven soorten bij betrokken kunnen worden. De gevolgen van deze nieuwe revolutie in de taxonomie zijn anno 2003 nog maar gedeeltelijk te overzien.

Moderne ontwikkelingen

In de moderne taxonomie wordt geprobeerd uit deze drie hoofdbronnen van informatie (anatomie, fossiele vormen en genetica) een zodanige systematiek op te zetten dat er alleen groepen (taxa, enkelvoud taxon) zijn die monofyletisch zijn. Dat wil zeggen dat:

• de groep van één stamvorm afstamt
• en dat alle afstammelingen van die stamvorm ook tot de groep behoren.

Het probleem is echter dat sommige taxa die nog stammen uit de oorspronkelijke indeling van Linnaeus zo ingeburgerd zijn dat zij moeilijk meer af te schaffen zijn, ook op wikipedia. Een goed voorbeeld is de Klasse Reptilia. 'Reptielen' zijn zo'n ingeburgerd begrip dat zij deel van het dagelijks spraakgebruik zijn geworden. Taxonomisch is echter de klasse Reptilia onaanvaardbaar omdat bijvoorbeeld de vogels ontbreken, hoewel ook zij afstammen van de laatste gemeenschappelijke voorouder die de huidige slangen, hagedissen, brughagedissen, krokodillen en schildpadden gemeen hebben. Reptilia is dus een parafyletisch taxon.

Dit laatste probleem was al bekend voor het DNA-onderzoek de stamboom van het leven flink door elkaar begon te schudden. Uit het DNA-onderzoek van de zoogdieren is bijvoorbeeld gebleken dat sterk ingeburgerde taxa als de orde Insectivora in werkelijkheid polyfyletisch waren. De Afrikaanse en Madagaskische leden van dit nu verworpen taxon bleken eerder aan de olifanten dan aan de egels en spitsmuizen van het noorden verwant. Ook de walvissen bleken eerder aan de nijlpaarden dan aan de uitgestorven Mesonychidae verwant, in hoe zekere termen paleontologen zich ook over de laatste verwantschap hadden uitgesproken.

In kringen van de klassieke anatomen en de paleontologen is het DNA-nieuws eerst met ongeloof en later met enige schrik ontvangen omdat het betekent dat anatomie veel bedriegelijker is dan men aannam. Vooral voor de paleontologen is dat slecht nieuws omdat men van fossielen maar zelden DNA kan winnen, zodat anatomische vergelijking de enige manier is tot resultaten te komen.

De taxonomie is daarom anno 2003 ondanks een geschiedenis van zo'n drie eeuwen opnieuw een uiterst bewogen gebied van studie. In die drie eeuwen is al menig verbitterd gevecht gestreden om de indeling en naamgeving van het leven op aarde en het ziet er naar uit dat het stof voorlopig blijft opdwarrelen. Hoewel de nieuwe gegevens zeker een aantal oude mysteries dichter tot een oplossing gebracht hebben, is het laatste woord over de boom des levens nog lang niet gesproken.

Zie ook: Taxonomische database van het Leven op Aarde - nomenclatuur - taxon - genus - soort - soortvorming - monofyletisch - classificatie

De laatste jaren wordt er binnen de vakgebieden informatica en kunstmatige intelligentie getracht een machine automatisch een taxonomie te laten maken van een verzameling objecten. Een bekend voorbeeld is het automatisch classificeren van een groep documenten, bijvoorbeeld voor digitale bibliotheken.

Opmerkelijk is dat in dit vakgebied een onderscheid wordt gemaakt tussen een taxonomie en een typologie. Het verschil zit vooral in de manier waarop de indeling tot stand komt (in de informatica: het classificatie-algoritme). Bij een taxonomie gaat men uit van een groep voorbeeld-objecten die men probeert te verdelen. Vervolgens wordt bekeken wat de karakteristieken van de objecten in een groep zijn, en op deze manier krijgt de taxonomie gestalte. Bij een typologie begint men vanuit het concept. Men bedenkt welke onderscheidende eigenschappen eventuele objecten normaliter zouden kunnen bezitten, en gaat vervolgens de daadwerkelijke objecten volgens deze regels indelen. Men zou kunnen zeggen dat taxonomieën empirisch (inductief) tot stand komen, en typologieën conceptueel (deductief).