Historische ontwikkeling van het soortconcept
In de vroegste wetenschappelijke werken was een soort gewoon een individu dat stond voor een groep soortgelijke of nagenoeg identieke organismen. Behalve dat groepslidmaatschap werden geen andere relaties impliciet geponeerd. Toen vroege observators classificatiesystemen voor levende wezens begonnen te ontwikkelen ontstond de tendens om de op zichzelf staande soorten zelf weer in een context te plaatsen. In de moderne opvatting waren veel van die historische schemata op zijn zachtst gezegd merkwaardig, zoals verwantschap op basis van kleur (alle planten met gele bloemen) of gedrag (slangen, schorpioenen en bepaalde bijtende mieren in een groep).
In de achttiende eeuw plaatste Linnaeus organismen in een schema op basis van de vorm (aanvankelijk van hun reproductie-organen, nl. bij bloemen). Hoewel zijn systeem organismen indeelde op basis van overeenkomst in vorm, claimde het nog geen verwantschap tussen op elkaar gelijkende soorten. Op dat moment werd nog algemeen aangenomen dat er geen achterliggend verband was tussen de soorten, hoeveel ze ook op elkaar mochten lijken; iedere soort was op zichzelf staand geschapen door God, een gezichtspunt dat tegenwoordig creationisme genoemd wordt. Deze benadering suggereerde ook een vorm van idealisme: het idee dat er van iedere soort een "ideale vorm" zou bestaan. Hoewel er altijd verschillen bestaan (hoe klein ook soms) tussen individuen, beschouwde Linnaeus deze variatie als problematisch. Hij streefde ernaar om individuen te vinden die typisch waren voor de soort, en vond minder aan het stramien voldoende exemplaren afwijkend en onvolmaakt.
Tegen de negentiende eeuw waren de meeste biologen tot het inzicht gekomen dat soorten in de loop van de tijd konden veranderen, en dat onze planeet al lang genoeg bestond om belangrijke veranderingen mogelijk te maken. Het probleem verschoof nu meer naar hoe een soort dan wel kon veranderen in de loop der tijd. Lamarck opperde dat een organisme een verworven kenmerk door kon geven aan de volgende generatie. Bijvoorbeeld, stel dat een dier zijn nek herhaaldelijk uitrekt om bij hogere bladeren in een boom te kunnen: de langere nek die het hierdoor heeft ontwikkeld zou dan volgens zijn theorie doorgegegen kunnen worden aan het nageslacht. Dit bekende en simplistische voorbeeld doet overigens geen recht aan de diepte en subtiliteit van Lamarck's ideeën hierover.
Lamarcks belangrijkste inzicht was wellicht dat soorten bijzonder veranderlijk kunnen zijn; zijn werk uit 1809, "Zoölogische filosofie" bevat een van de eerste logische ontkrachtingen van het creationisme. Toen Charles Darwin op het toneel verscheen raakten de theorieën van Lamarck sterk in de vergetelheid. Pas in de late 20e eeuw werden zijn ideeën weer opnieuw onderzocht en kregen ze een plaats in de ontwikkeling van de moderne theorie van de adaptieve mutatie. Lamarck's sinds lang verworpen theorieën over gerichte evolutie van een soort, ook bekend als het teleologisch proces, hebben onlangs ook weer de aandacht getrokken, vooral bij voorstanders van kunstmatige selectie.
Darwin en Alfred Wallace stelden de evolutietheorie op die wetenschappers tegenwoordig als de krachtigste en meest overtuigende beschouwen. In essentie komt Darwins theorie er op neer dat het de populaties zijn die evolueren, niet de individuen. Zijn argument berust op een radicale nieuwe beschouwingswijze, ten opzichte van Linnaeus: In plaats van dat hij soorten definieerde aan de hand van een ideale vorm en probeerde van die ideale vorm een voorbeeld te vinden, beschouwde Darwin variatie tussen individuen als een natuurlijk gegeven. Verder redeneerde hij dat dergelijke variatie in plaats van een hinderlijk en problematisch verschijnsel een goede zaak is.
In het voetspoor van Thomas Malthus redeneerde hij dat een populatie vaak groter zou neigen te worden dan de bestaand hoeveelheid voedsel toeliet, en dat sommige individuen zouden sterven. Darwin redeneerde dat de organismen die stierven diegenen waren die minder goed toegerust waren de strijd om het bestaan aan te gaan, en dat degenen die overleefden - en die zich voortplantten - degenen zouden zijn die het best aangepast zouden zijn aan hun omgeving. Variatie tussen leden van een soort is belangrijk omdat verschillende en veranderende leefomgevingen verschillende eisen stellen (dwz er bestaat geen ideale vorm; of een vorm goed is of niet hangt af van de context van de leefomgeving).
Deze overlevenden gaven geen verworven eigenschappen door aan hun nageslacht; ze gaven hun eigen overgeërfde eigenschappen door aan hun nageslacht. Maar omdat de omgeving bepaalt welke organismen de kans krijgen om zich voort te planten, bepaalt die ook welke eigenschappen van het organisme bewaard blijven. Dit is de theorie van evolutie door natuurlijke selectie. In een populatie hebben bijvoorbeeld sommige dieren langere, en sommige kortere nekken. Als alle blaadjes hoog groeien zullen de dieren met korte nekken doodgaan; die met lange nekken zullen gedijen. Dit proces kan tegenwoordig gemakkelijk worden geobserveerd bij het ontstaan van resistente bacteriestammen.
De ontwikkeling van de genetica, (vele jaren na Darwin) heeft laten zien door welke mechanismen variabiliteit ontstaat en hoe zulke kenmerken van generatie op generatie worden doorgegeven.
De theorie van de evolutie van soorten door natuurlijke selectie heeft twee belangrijke gevolgen voor discussies over het soortbegrip -- gevolgen die de onderliggende aannames van het taxonomisch systeem van Linnaeus fundamenteel ondergraven. Ten eerste wordt het mogelijk dat soorten die op elkaar lijken daadwerkelijk aan elkaar verwant zijn. Sommige volgelingen van Darwin claimen dat alle soorten uiteindelijk afstammen van een enkele voorouder. Ten tweede zijn soorten nu geen homogene, vaste en onveranderlijke groepen meer; alle leden van een soort zijn verschillend, en met de tijd veranderen soorten. Hieruit blijkt dat soorten niet meer duidelijk afgegrensd kunnen worden maar slechts een gemiddelde vormen van een constant veranderende serie genfrequenties. Linnaeus' systeem kan nog steeds worden gebruikt om indivduen in groepen te plaatsen maar die groepen zijn niet langer permanent en onveranderlijk.
Het ontstaan van een nieuwe soort uit een afstammingslijn heet het soortvormingsproces. Er is geen duidelijke lijn die een voorouderlijke soort van een daarvan afstammende soort afgrenst.
Hoewel het huidige wetenschapelijke soortbegrip geen duidelijke manier toelaat om ondubbelzinnig in alle gevallen tussen soorten te kunnen onderscheiden, zijn biologen nog steeds op zoek naar manieren om deze beslissing te operationaliseren. Richard Dawkins definieert twee organismen als zijnde van dezelfde soort dan en slechts dan als ze hetzelfde aantal chromosomen hebben en daarnaast paarsgewijs op ieder chromosoom evenveel nucleotiden. (The Blind Watchmaker, p. 118)
De soortklassificatie is ingrijpend veranderd door technologische vooruitgang waardoor onderzoekers in staat waren om verwantschap te definieren in termen van genetische overeenkomst. Dit heeft tot een ware omwenteling geleid, in het omgooien van enorme delen van de fylogenetische stamboom.