In tegenstelling tot veel wateren in de omgeving is het Naardermeer een natuurlijk meer, en niet ontstaan door vervening (voor turfwinning) of door afgraving voor zandwinning. Tussen 1623 en 1629 werd het drooggelegd, maar niet veel later werd het weer onder water gezet om Amsterdam te beschermen tegen oprukkende vijandige troepen. Aan het eind van de 19e eeuw werd een poging gewaagd het meer opnieuw droog te malen, maar het bleek te duur om het kwelwater tegen te houden.

Het is een gebied met afwisselend moerasgebied en open water. Zonder beheer zou het in korte tijd compleet kunnen veranderen: het (ondiepe) open water zou dicht slibben met riet en moerasplanten; zonder toevoer van water uit o.a. het Gooimeer zou het verdrogen. De aanvoer van kwelwater uit hoger gelegen gebieden in het Gooi is teruggelopen door drinkwaterwinning aldaar.

Aan het begin van de 20 eeuw liet de gemeente Amsterdam haar oog vallen op het gebied. Het zou zijn gaan dienen als vuilstortplaats, ware het niet dat daar veel verzet tegen bestond. Voor de natuurliefhebbers Jac. P. Thijsse en Eli Heimans was het plan de aanleiding om de Vereniging tot Behoud van Natuurmonumenten in Nederland op te richten. De vereniging kocht het gebied voor fl 150.000,-; de rente op de daartoe afgesloten lening werd terugbetaald met de opbrengsten uit jacht, visserij en het kappen van riet.

Flora en fauna