Een muis werd aanvankelijk met de computer verbonden via de seriële poort. Later werd een PS/2 connector gebruikt. Nu zijn er ook muizen beschikbaar met een USB stekker. De verbinding gebeurt met een draad of via een draadloos netwerk (radio of infrarood). Vanwege de gelijkenis van het apparaatje met een echte muis kreeg het in alle talen de naam muis.

De traditionele muis heeft onderaan een balletje, dat bij beweging van de muis over een plat oppervlak, door de wrijving met de beweging meerolt. Deze rolbeweging wordt gedetecteerd door twee opnemers (rolletjes) die onder een hoek van 90^o van elkaar gemonteerd zijn en beweging opzet in pulsen die de beweging in twee richtingen representeren. Deze informatie wordt door de muisdriver en het besturingssysteem uiteindelijk omgezet naar een beweging van de cursor op het display. Deze uitvoering heeft als nadeel dat het balletje vuil meeneemt in de muis en de beweging van het balletje daardoor gehinderd wordt in een of meer richtingen. Meestal kan het balletje gedemonteerd en schoongemaakt worden en vooral ook de rolletjes waar het balletje tegenaan rolt.

Een muisvariant die minder gevoelig is voor vuil en slijtage en gladheid van het onderliggende oppervlak is de optische muis die met LEDs en fotocellen beweging van de muis ten opzichte van de onderlaag optisch waarneemt, zodat er ook geen muismat meer nodig is. De beweging van de cursor is bij gebruik van zo'n muis veel beheersbaarder. Optische muizen bestaan al geruime tijd, maar waren vaak afhankelijk van een speciale muismat, met daarop een patroon van horizontale en verticale lijnen, die door een dubbele fotosensor werden "afgetast". Deze muismat is niet meer nodig, de muis herkent zeer kleine oneffenheidjes in de ondergrond en meet zo de beweging van de muis.

Een andere variant is de trackball of rugmuis waarbij het rolletje bovenaan op de muis wordt geplaatst. Dit had verschillende voordelen:

• het rolletje werd minder vervuild door vuil dat op een oppervlakte gevallen is.
• de beweging is nauwkeuriger te controleren met de beweging van één vinger
• men heeft geen bewegingsoppervlak nodig, want de muis blijft gewoon staan.

Een andere type muis is de penmuis. Dit is een pen met bijbehorend tableau waarop kan worden 'geschreven'. De penmuis is vooral bedoeld voor artistiek tekenwerk, maar kan ook worden gebruikt als alternatief voor de muis om de cursor te besturen en te klikken.

Sommige mensen hebben bij gebruik van een trackball of penmuis minder last van RSI-klachten dan met een traditionele muis. Met name de trackball maakt de kleine maar vaak herhaalde polsbewegingen van een gewone muis overbodig.

De eerste muis, ontwikkeld in 1963, werd uitgevoerd met een enkele muisknop. Voor de Macintosh bleef dat heel lang het geval. Voor Microsoft Windows werd de muis traditioneel uitgevoerd met één knop, en vanaf Windows 95 kwam de tweede knop er ook bij. De eerste knop om te selecteren, de tweede knop om een submenu te zien te krijgen. Later werd een derde (middelste) knop toegevoegd waarvan de functie te programmeren is. In het X Window systeem worden vanaf het begin de drie knoppen algemeen gebruikt en hebben ingeprogrammeerde functies.

Een andere uitbreiding is het scrollwieltje meestal verwerkt in de middelste knop. Het scrollwieltje rolt de inhoud van het scherm in horizontale of verticale richting. Dit is bijvoorbeeld handig om een overzicht te hebben van lange teksten of webpagina's, zonder de plaats van de cursor te moeten veranderen.

Tegenwoordig kunnen er verschillende zaken softwarematig geconfigureerd worden, zoals:

• de snelheid van de cursor voor een bepaalde beweging van de muis
• het trekken van een 'spoor' waar de muis zich bewogen heeft.
• de functie van de verschillende knoppen
• snelheid voor het dubbelklikken