Een molecuul is een eenheid van een zuivere chemische stof. Het bestaat uit atomen die in een vaste rangschikking van chemische bindingen aan elkaar verbonden zijn. De typen van de atomen samen met de rangschikking definiëren de chemische stof. De chemische stof water bijvoorbeeld heeft in zijn moleculen één zuurstofatoom en twee waterstofatomen, in een rangschikking waarin het zuurstofatoom tussen de twee waterstofatomen inzit. Het drietal vormt een hoek van ongeveer 110 graden.
Twee moleculen die uit dezelfde atomen bestaan in een andere rangschikking worden isomeren genoemd. Als van twee isomeren zelfs alle paarsgewijze bindingen tussen de atomen gelijk zijn en de verschillen liggen in de ruimtelijke indeling wordt gesproken van stereo-isomeren. nds:Molekül simple:Molecule