Michael was nog geen drie toen zijn vader Theophilus stierf. Zijn moeder Theodora trad op als regentes. Onder haar bewind werd de iconencrisis voorgoed beëindigd in het voordeel van de iconenvereerders. Methodius werd Patriarch en in Maart 843 werd door een synode plechtig de verering van iconen in ere hersteld. Dit betekende in feite dat de keizers bakzeil haalden in hun poging de kerk te vertellen wat er gebeuren moest.

Theodora zond een vloot naar Kreta en gedurende een korte tijd in 843-844 was het eiland weer Byzantijns, maar in 844 werden de Byzantijnen niet ver van de Bosporus te land verslagen door de Kalief Mutsim die ver in Byzantijns gebied had weten door te dringen. Hij moest zich echter terugtrekken wegens problemen thuis en er werd weer vrede gesloten.

Theodora vond het nog lang geen tijd om de macht over te dragen aan haar zoon, maar een staatsgreep in 865 dwong haar daartoe. Haar broer Bardas werd de steun en toeverlaat van de jonge keizer. Twee jaar later probeerde zijn moeder tevergeefs opnieuw de macht te grijpen, met als gevolg dat ze in een klooster gestopt werd.

Michael bleek geen groot heerser maar zijn vertrouwelingen, Bardas en later ook de Patriarch Photius waren bijzonder kundig. Met Michael begon daarmee de bloeitijd van het Byzantijnse rijk. Bardas organiseerde een universiteit in het Magnaura paleis met Leo de Wiskundige aan het hoofd, vol met de knapste koppen die in het rijk te vinden waren.

Michael pakte het Arabische probleem energiek aan maar had daarbij niet altijd success. Behalve Taormina en Syracuse kwam heel Sicilië in moslim handen en zelfs ook een heel stuk van Zuid Italë. In Anatolië werden versterkingen gebouwd zoals in Ancyra (Ankara) en Nicea. Michael zond zelfs een vloot naar Damiette in Egypte en in 863 was er een grote overwinning op de emir van Melitene, Omar. Dit was voor het eerst dat Constantinopel weer in de aanval kon gaan tegen de Arabieren.