Grondslagenstrijd
In de jaren twintig ontbrandde de grondslagenstrijd tussen Brouwer - gesteund door Hermann Weyl - en David Hilbert. In 1928 werd Brouwer, onder verzet van Albert Einstein uit het bestuur van de Mathematische Annalen -een gezaghebbend wiskundig tijdschrift- gezet. Brouwer was hierdoor zeer aangeslagen en zou nooit meer zo creatief worden als daarvoor.
Tijdens de oorlogsjaren was hij het verzet ter wille en probeerde hij zijn joodse vrienden te helpen. Hij adviseerde zijn studenten de loyaliteitsverklaring te tekenen. Hij deed dat met het oogmerk dat zij daardoor met rust werden gelaten en zich nuttig konden maken in het verzet. Na de oorlog werd hem hiervoor het recht om colleges te geven voor enkele maanden ontzegd. Brouwer was diep gekwetst en overwoog om te emigreren.
In 1951 nam hij afscheid van de Universiteit van Amsterdam en in de jaren vijftig gaf Brouwer nog een groot aantal lezingen in Zuid-Afrika, de Verenigde Staten (onder meer aan het MIT en Princeton) en Canada. In Princeton bezocht hij Gödel.
In 1966 overleed Brouwer aan de gevolgen van een verkeersongeluk, toen hij de weg voor zijn huis in Blaricum over stak. Bij de begrafenis van Brouwer in zeer kleine kring werd door Max Euwe een toespraak gehouden.
Brouwer was lid van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen , de Royal Society in London, de Preußische Akademie der Wissenschaften in Berlijn en de Akademie der Wissenschaften in Göttingen. Hij ontving eredoctoraten van de universiteiten van Oslo en Cambridge. Hij was Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw.