Nomenclatuur
Het meest revolutionaire aspect van zijn nomenclatuur was dat deze uitging van de seksuele organen van planten. In die tijd was het nog een relatief nieuw gegeven dat planten seksuele organen hadden, en bovendien was het spreken over seksualiteit een groot taboe. Nu maakte Linnaeus juist deze seksuele organen tot de basis van zijn systeem: De planten werden verdeeld in klassen al naar gelang de aantallen vrouwelijke en mannelijke organen per bloem of per plant. Deze seksuele aard van zijn verdeling, en het voor die tijd weinig verbloemende gebruik van seksuele termen, maakte zijn systeem moeilijk te accepteren voor zijn tijdgenoten. Het tweede deel van Linnaeus' systeem werd beschreven in zijn Species Plantarum (1753). Er bestond nog geen algemene naamgeving van planten, en dezelfde plant had bij verschillende auteurs verschillende namen. Linnaeus zelf bijvoorbeeld liet de geslachtsnaam volgen door een lijst van eigenschappen van de specifieke soort. In Species Plantarum koos hij een andere route: Elke plant kreeg een naam bestaande uit twee delen: De geslachtsnaam, gevolgd door een soortnaam. Om te voorkomen dat dezelfde plant opnieuw meerdere verschillende namen zou krijgen van verschillende biologen, ging hij snel aan de slag om alle bekende planten, en later ook dieren, een dergelijke binominale naam te geven. Het namenstelsel van Linnaeus werd nog voor zijn dood door de meeste biologen en naturalisten overgenomen. Talloze soorten werden door hem beschreven en hoewel veel soorten inmiddels zijn heringedeeld ziet men nog steeds de 'L.' van Linnaeus vaak achter latijnse namen van zowel planten als dieren staan.
Linnaeusklokje
Er is een plant naar Linnaeus genoemd, namelijk het Linnaeusklokje, Linnaea borealis. Hij ontdekte het op zijn reis door Lapland in 1732. Het Linnaeusklokje wordt echter niet in het reisverlag beschreven, maar wel in de Flora Lapponica. Het Linnaeusklokje is een zeer bescheiden en teer plantje. Het heeft twee kleine bloemen op een dunne stengel van ongeveer 10 cm hoogte. Het plantje is in Nederland zeer zeldzaam. Linnaeus wordt vaak afgebeeld met dit plantje in zijn hand. Studenten van Linnaeus
Linnaeus' studenten breidden zijn werk uit door niet alleen de planten van Europa maar die van de hele wereld te verzamelen, te benoemen en te beschrijven.
