Het Heilige Roomse Rijk
Tijdens het keizerschap van Karel V werd het Heilige Roomse Rijk verdeeld door godsdiensttwisten. In 1531 verenigden de protestantse rijksvorsten zich in het Schmalkaldisch Verbond. Rond 1540 maake de meerderheid van de rijksvorsten deel uit van dit verbond. Karel V heeft steeds gestreefd naar verzoening tussen beide groepen. Hij riep verschillende rijksdagen samen om het conflict op te lossen. Te Augsburg in 1530 probeerde hij de christelijke eenheid te herstellen door te wijzen op het Ottomaanse gevaar en enkele hervormingen uit te voeren binnen de Kerk. Karel V, die onder invloed van Erasmus stond, was bereid tot toegevingen aan de protestanten. Melanchton trad naar voor als leider van het Schmalkaldisch verbond. De Augsburgse Confessie, de geloofsbelijdenis die Melanchton de rijksdag voorlegde werd verworpen. Ook de Rijksdag te Regensburg (1541) slaagde er niet in de eenheid te herstellen.
In 1546, opnieuw te Regensburg, was de stemming vijandiger. Het Schmalkaldisch Verbond verklaarde de bepalingen van het concilie van Trente met geweld te bestrijden. In de Schmalkaldische Oorlog (1546-1552) haalde Karel V een overwinning op de protestanten bij Mühlberg. Hij was mild voor de overwonnenen en liet de leiders van het verzet vrijuit gaan. Wanneer Frankrijk zich in de oorlog mengt door met steun van de protestantse rijksvorsten de prinsbisdommen Metz, Toul en Verdun te bezetten, ziet Karel zich gedwongen de vrede van Passau (1552) te ondertekenen en gaf hij zijn pogingen om de godsdiensteenheid binnen het rijk te herstellen op. In 1555 werd de vrede hersteld door de Godsdienstvrede van Augsburg.
Troonsafstand en Opvolging
Karel V zag de Godsdienstvrede van Augsburg als een persoonlijke nederlaag. Teleurgesteld en uitgeput door het vermoeiende bestuur trok hij zich terug uit het regeringswerk. In 1555 stond hij de Nederlanden en Franche-Comté af aan zijn zoon Filips II, die in 1556 ook de Spaanse gebieden erfde. De keizerskroon en de Oostenrijkse erflanden stond hij in 1556 af aan zijn broer Ferdinand I. Karels wereldrijk werd sindsdien verdeeld tussen een Spaanse en Oostenrijkse tak van het Habsburgse geslacht.
Tijdens zijn 39-jarige bestuur had Karel de volgende gebieden in handen:
Ruwweg omvatte dit rijk de Nederlanden, Spanje, Oostenrijk, Tsjechië en enkele Italiaanse staten. Hierbij komen nog de overzeese koloniën van Spanje, wat de faam gaf dat het een rijk was waar de zon nooit onderging.