Das Wohltemperierte Klavier
In 1717 werd hij kapelmeester aan het hof van prins Leopold in Anhalt-Köthen. In de 6 jaar die hij daar werkte schreef hij stukken voor kamerorkesten en solo-instrumenten. Hij bewerkte muziekboeken om zijn vrouw en kinderen de fijne kneepjes van het orgel en klavecimbel te leren. Deze boeken staan nu bekend als het Wohltemperierte Klavier en de Inventionen. In Köthen schreef hij het eerste deel van het Wohltemperierte Klavier, dat uit 24 preludes en fuga's in alle toonsoorten bestaat. Deze stukken zijn een absoluut meesterschap van polyfone structuur. Bachs eerste vrouw, waar hij 7 kinderen bij had, stierf in 1720. Het jaar daarop trouwde hij met de zangeres Anna Magdalena Wilcken, waar hij 13 kinderen mee kreeg.
Leipzig
In 1723 verhuisde hij naar Leipzig, waar hij 295 cantates schreef. Hiervan zijn er 202 bewaard gebleven. In Leipzig was hij koormeester van de Thomaskerk. Zijn relatie met het stadsbestuur was slecht en men zag hem als een wat vreemde koppige oude man die met verouderde muziek bezig was. Bovendien werd Bach meer gezien als een organist dan als een componist. Bach was dan ook niet bepaald de eerste keus van het gemeentebestuur. Uiteindelijk werd Bach pas benoemd nadat de componisten Georg Telemann en Graupner hadden bedankt. De bekendste werken die hij hier componeerde waren de Mattheüs Passion, de Johannes Passion het tweede deel van het Wohltemperierte Klavier (eveneens 24 preludes en fuga's) en de Goldberg Variaties. Bach bleef de rest van zijn leven in Leipzig. In 1749 kreeg hij last van staar en stierf in 1750 na een mislukte oogoperatie.
Vergetelheid
Na zijn dood in 1750 is Bach lange tijd in de vergetelheid geraakt. Het is aan Felix Mendelssohn Bartholdy te danken dat Bach is herontdekt. Dankzij de uitvoering in 1829 in Berlijn van de Mattheüs Passion onder leiding van de 20 jarige Mendelssohn kwam Bachs muziek weer volop in de belangstelling en bleef dat tot op de dag van vandaag.
Werk
Eén van de bijzondere aspecten van Bach's composities is het complexe en ingenieuze gebruik van het contrapunt. Meer dan andere componisten wordt Bach geassocieerd met de fuga. Het meest bekende fuga-album is wellicht het Das Wohltemperierte Klavier; dit werk bevat 48 preludes en fuga's, twee voor elke majeur en mineur toonsoort. Bach schreef ook het album Die Kunst der Fuge, wat nog niet voltooid was bij zijn dood. Het bevat 14 fuga's (die Bach zelf 'Contrapuncti' noemde), die alle op hetzelfde thema gebaseerd waren.
Veel van zijn muziek schreef Bach voor de Lutherse Kerk. Vanaf 1723 tot aan zijn dood was hij cantor van de Thomaskirche in Leipzig. Zijn vele cantates (lijst) componeerde hij voor de reguliere zondagsdiensten; de Johannes Passion en de Mattheüs Passion waren bedoeld voor speciale diensten op Goede Vrijdag.
Andere beroemde werken van Bach zijn:
- Brandenburgse Concerten,
- Mis in B klein,
- 4 Orkestrale Suites.
- Hohe Messe
- Weihnachtsoratorium (Kerstmuziek)
- Das Wohltemperierte Klavier
De werken van Bach zijn genummerd door Wolfgang Schnieder en kregen alle een 
