Rotatie
Ook voor rotatie geldt dat er maar bepaalde toestanden toegestaan zijn. Zij worden gekenmerkt door het rotatie-kwantumgetal J =0,1,2,3,... en de energie:
- E(J) = h.B.J(J+1)
De waarde van B is veel kleiner dan van νe en daarom is een foton van veel kleinere energie (in het microgolven-gebied) voldoende om veranderingen in de rotatietoestand te weeg te brengen. In het infraroodspectrum van HCl veranderen J en v echter tegelijkertijd en de verandering van v eist wel een foton in het IR gebied. De verandering in het rotatie-kwantumgetal ΔJ kan ofwel +1 ofwel -1 zijn, in het laatste geval gaat het molecuul juist wat minder hard draaien. Omdat B naar verhouding klein is (ca 10.5 cm-1kunnen moleculen bij kamertemperatuur zich wel in een aangeslagen rotatie-toestand bevinden. Het gevolg is een aantal lijnen in twee takken. De de R-tak gaat J omhoog. De eerste lijn (vanuit het midden van het spectrum gerekend) komt overeen met J=0 naar J=1, de tweede 1->2, derde 2->3 enzovoorts. Voor de P-tak gaat J omlaag (eerste lijn 1->0, tweede 2->1 enzovoorts).
Isotoop-effect
Omdat chloor bestaat uit twee isotopen 35Cl en 37Cl is de energie die benodigd is voor een verandering in de rotatie niet altijd precies hetzelfde. Voor ongeveer een kwart van de moleculen kost de verandering een iets andere energie omdat 37Cl iets zwaarder is. Iedere lijn in het spectrum bestaat daarom uit een doublet, die bij schaalvergroting goed te zien zijn.