De oligarchie van Aegina was in de klassieke tijd een machtige rivaal van Athene. In het tijdvak 490 -480 was de vloot van Aegina zelfs superieur aan die van Athene Van 488-481 was er een oorlog met Athene om de hegemonie op zee In 483 werd bij Athene een rijke zilvermijn ontdekt en Themistocles overtuigde zijn stadsgenoten de fondsen te gebruiken om een moderne vloot te bouwen. Toch viel de oorlog eerder in het voordeel van Aegina uit en de slag bij Salamis, die de Grieken bewaarde voor Perzische overheersing was goeddeels aan Aegina te danken. Nadien waren de betrekkingen wat beter omdat Aegina een bondgenoot van Sparta was en Athene onder Cimon een pro-Spartaans beleid voerde. In 461 veranderde dat en in de Eerste Peloponnesische Oorlog werd Aegina gedwongen een vazalstaat van Athene te worden. In de Tweede Peloponnesische Oorlog werd het eiland opnieuw veroverd en werd de bevolking verdreven (431. Sparta bood ze onderdak op de grens met Argolis, maar ook daar trachtte Nicias ze in 424 uit te roeien. Sparta bracht wat restte van de oude bewoners later terug naar het eiland en maakte er een steunpunt tegen Athene van, maar de rol van het eiland was voorbij.
Aegina kwam in handen van Pergamum, Rome en Byzantium. In de 9e eeuw werd de Egeïsche Zee onveilig gemaakt door zeerovers en in 896 werd de havenstad verlaten en verder landinwaarts een nieuwe stad Hagios Nektarios gebouwd. Later in de Middeleeuwen kwam het eiland in handen van de Venetianen. In 1537 nam de beruchte piraat Barbarossa (Khair-ed-Din) het eiland over, maar het kwam weer onder Venetiaans bewind en was een van de laatste van hun bezittingen om aan de sultan van Istanbul overhandigd te worden (1718). Van 1826-1828 was Aegina de voorlopige hoofdstad van het opnieuw onafhankelijk geworden Griekenland.
