Het genotype is de erfelijke informatie over een bepaalde eigenschap van een organisme. Deze informatie bevind zich in de genen in het DNA. Het genotype staat tegenover het fenotype: de externe manifestatie van de eigenschap.
Voor veel complexe fenotypische eigenschappen is het niet eenvoudig om het bijbehorende genotype vast te stellen. Vaak is het zelfs moeilijk om vast te stellen in hoeverre de omgeving van het organisme op het fenotype van invloed is, en hoeveel van de eigenschap uit het genotype afkomstig is. Vaak worden hiervoor statistische onderzoeken uitgevoerd. Voorbeelden hiervoor zijn intelligentie, of de aanleg om piano te kunnen spelen, of de kans op het krijgen van een ziekte als kanker.
Voor eenvoudiger eigenschappen is soms wel bekend hoe het fenotype en het genotype corresponderen. Zo is het bekend dat mensen met een bepaald gen de tong in de vorm van een bootje kunnen oprollen, en mensen die dat gen missen dat niet kunnen. Ook is van een aantal erfelijke ziekten bekend welke genetische afwijking ervoor verantwoordelijk is.
De erfelijke informatie in de twee equivalente genen in een diploide organisme kan verschillend zijn (men noemt dat heterozygoot) of gelijk (homozygoot). Voor heterozygote genotypen kent men dominante en recessieve eigenschappen. Een dominante eigenschap zal in een heterozygote genotype zijn invloed hebben op het genotype, een recessieve eigenschap niet.
