Hij is in 1948 gepromoveerd in de filosofie aan de RUL. Van 1948 tot 1951 was hij sous-chef Buitenlandse Betrekkingen, ministerie van Onderwijs in 's-Gravenhage. Van 1950 tot 1953 was hij lector filosofie aan de RUU, van 1953 tot 1961 hoogleraar filosofie en van 1960 tot 1982 hoogleraar filosofie aan de RUL. In 1963 werd hij tevens buitengewoon hoogleraar filosofie aan de Vrije Universiteit van Amsterdam.

Zijn filosofie

Zijn theologie

Maar Van Peursen was niet alleen filosoof, hij is ook theoloog. Van huis uit is hij gereformeerd (synodaal). Hij preekte in de hervormde en in de gereformeerde kerk. Hij zegt uit een niet-streng gereformeerd milieu te komen. Hij werd gestimuleerd om met theologie bezig te zijn door contacten met zendingsmensen, met name prof. Johan Bavinck, en de Wereldraad van kerken van 1948. Hij vond dat de gereformeerde en de hervormde kerk samen moesten gaan. Hij wilde op zijn veertigste uit de kerk stappen als deze nog niet was samengegaan met de hervormde kerk. Dit zou in 1960 zijn. Toen het eenmaal zover was, is hij er niet uitgestapt, maar er in mee gegroeid. Er was toen ook al het een en ander in beweging. Hij had veel contact met Ridderbos, Berkhouwer en de veel jongere Kuitert en Wiersinga. Van Peursen vond dat de remonstranten ook mee moeten doen met het Samen op Weg-proces (het samengaan van de Nederlands Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland, en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden).

Hij verzette zich tegen de scheiding tussen orthodox en vrijzinnig. De religie heeft een bijzondere rol gekregen, omdat mensen weer de noodzaak van waarden inzien. Van Peursen is op een gegeven moment begonnen met de theologie. Hij las de bijbelteksten en de commentaren en ontdekte dat de woorden allemaal iets anders betekenden dan hij had gedacht. Bijvoorbeeld: God is almachtig. Het woord 'almachtig' komt van een Hebreeuws woord voor een berggod. "In de psalmen staat dat je kunt overnachten in de schaduw van de almachtige. Lekker koel onder de rotsen in dat hete land. Dat is heel wat anders dan wij ervan gemaakt hebben"

In 1969 schreef hij: 'Hij is het weer! Beschouwingen over de betekenis van het woordje 'God'. In dit boek verzet hij zich tegen de vanzelfsprekendheid van het gebruik van het woordje 'God'. Wij weten zo snel wat ermee bedoeld wordt. Maar het is helemaal niet duidelijk wat het woordje 'God' inhoudt. Als we de bijbelse verhalen goed lezen, ontdekken we dat de bijbelschrijvers elke keer moesten worstelen om er achter te komen wat de godsnaam inhoudt. Wij doen geen moeite meer om hier achter te komen. Wij weten het wel. Uit de bijbelverhalen kunnen wij leren hoe de godsnaam elke keer weer opnieuw ingevuld wordt. Het blijkt steeds om dezelfde God te gaan, dezelfde geheimzinnige, goddelijke Aanwezige, maar elke keer met een andere Naam. God wordt steeds een andere Naam gegeven. Wat wij met taal doen, namelijk de dingen een naam geven, doen de bijbelschrijvers en de mensen in de bijbel (zoals bijvoorbeeld Mozes) ook: zij geven de God die zij ervaren een Naam. Zoals gezegd, is de taal van de mens primair evaluatief. Wij interpreteren de werkelijkheid in eerste instantie evaluatief en niet descriptief. De gebeurtenissen worden door ons beoordeeld, geëvalueerd, en vervolgens beschreven.