Bessarabië is waarschijnlijk genoemd naar de 14e-eeuwse Basarab-dynastie van Walachije. Tot 1812 werd met deze naam alleen het zuidelijkste gedeelte van het latere Bessarabië aangeduid, een gebied dat onder sterke Ottomaanse invloed stond. De kuststreek met de vesting Akkerman (nu Bilhorod) was integraal Turks, de rest behoorde tot het vorstendom Moldavië, dat in de vijftiende eeuw een Turkse vazalstaat werd.

In 1806 veroverde Rusland het gebied tussen de Dnjestr en de Prut op Moldavië en het Ottomaanse Rijk: Rusland had als opkomende grootmacht in de achttiende eeuw al verschillende eerdere pogingen gedaan dit bruggenhoofd richting Constantinopel te veroveren, en de verovering verliep vrijwel parallel aan die van de Boekowina door Oostenrijk. De Russische verovering van 1806 werd in 1812 in de Vrede van Boekarest bekrachtigd. Rusland had hiermee meer dan de helft van het vorstendom Moldavië ingelijfd, en noemde het gehele gebied Bessarabië. De hoofdstad was aanvankelijk Tighina en later Chisinau. Er volgde een intensieve russificatiecampagne. De Turkse en Tataarse bevolking van de Boedjak, de steppe aan de Zwarte-Zeekust, was verdreven, en in hun plaats verschenen Duitse kolonisten en orthodoxe Bulgaren en Gagaoezen van de Balkan.

Na de Krimoorlog (Vrede van Parijs, 1856) moest Rusland een klein gedeelte van Bessarabië aan Moldavië afstaan: dit gebied met Ismail, Cahul en het Gagaoezische centrum Comrat was slechts 5000 km² groot, maar het blokkeerde wel de toegang tot de Donau. Na de door Rusland gewonnen Russisch-Turkse Oorlog kwam dit gebied in 1878 weer in Russische handen. Moldavië was intussen samen met Walachije Roemenië geworden en dat land kreeg als compensatie de noordelijke Dobroedzja (Vrede van Berlijn).

Na de Russische Revolutie van 1917 verklaarde Bessarabië zich onafhankelijk, waarop het zich al snel bij Roemenië aansloot. Tussen beide Wereldoorlogen was geheel Bessarabië Roemeens. Het Molotov-Ribbentroppact tussen Hitler en Stalin voorzag in 1939 in annexatie van het gebied door de Sovjetunie, en het vertrek van de Duitsers naar Duitsland, wat in 1940 allebei inderdaad gebeurde. Het grootste deel van het gebied werd ingedeeld bij de Moldavische SSR, op drie districten na: Ismail en Acherman, die in het strategisch belangrijke Boedjak-gebied aan de Zwarte Zee en bij de Donaumonding lagen, kwamen aan de Oekraïense SSR, evenals het noordwestelijke district Hotin.

Van 1941 tot 1944 was Bessarabië met Duitse steun weer enkele jaren Roemeens, gedurende welke periode de joodse bevolking werd uitgemoord. Na de Tweede Wereldoorlog volgde er een halve eeuw sovjet-bewind.