Duits bestuur en verzet
Ondanks aandringen van de SS van Heinrich Himmler voor een "Zilververwaltung" of burgerlijk bestuur, bleef België, samen met Noord-Frankrijk tot 7 juni 1944 onder militair bestuur: de mogelijkheid om alsnog vrede met het Verenigd Koninkrijk te kunnen sluiten en de aanwezigheid van de Belgische vorst in zijn thuisland, kunnen deze beslissing van Hitler hebben beïnvloed. De 62-jarige Pruisische generaal Freiherr Alexander von Falkenhausen werd als militair gouverneur aangewezen. Deze beschikte over een "Kommandostab" voor militaire aangelegenheden en een "Verwaltungsstab" voor het burgerlijk bestuur. Theoretisch waren alle politie- en inlichtingendiensten (Feldgendarmerie, Abwehr, alsook de SS met haar Sipo en SD) aan de militaire gouverneur onderworpen. In de praktijk stonden zij er echter los van, wat tot veelvuldige conflicten gaf.
Aangezien de aanhang van de collaboratiebewegingen, zoals Rex en het Vlaams Nationaal Verbond te klein was, konden de Duitsers in België geen Quisling-regering zoals in Noorwegen tot stand brengen en besloten het praktisch bestuur van het land over te laten aan de twaalf secretarissen-generaal van de ministeries, die door de wet van 10 mei 1940 zeer ruime bevoegdheden hadden gekregen en op post waren gebleven. Maar eind 1941 waren reeds acht van de oorspronkelijke secretarissen-generaal door collaborateurs vervangen.
Dadelijk na de Achttiendaagse Veldtocht stond de sterk uitgedunde administratie (velen waren gevlucht) voor de moeilijke opdracht de dringende problemen van het land aan te pakken o.m. inzake voedsel- en energievoorziening en inzake transport- en communicatielijnen: bruggen, kanalen, spoor- en autowegen en telefoonverbindigen waren immers vernield of buiten werking.
Koning Leopold III werd als krijgsgevangene overgebracht naar zijn kasteel in Laken. Desondanks poogde hij herhaalde malen zich met het bestuur van het land in te laten: zo verzette hij zich tegen de verplichte tewerkstelling in Duitsland en tegen de jodenvervolging. Telkens werd hij hiervoor door Hitler terechtgewezen. Op 15 januari 1944 stelde de koning richtlijnen op over hoe het land aan het einde van de oorlog moest bestuurd worden voor het geval hijzelf niet bij de bevrijding aanwezig zou kunnen zijn. In dit "politieke testament" repte de koning met geen woord over het verzet en stelde hij dat politici, die sinds het uitbreken van de oorlog onverantwoorde uitspraken hebben gedaan, voortaan buiten het politieke leven moesten gehouden worden. Na de bevrijding weigerde de Belgische regering dit testament te publiceren.
Daags na de landing in Normandië, op 7 juni 1944, werd koning Leopold III met zijn familie uit het kasteel van Laken weggehaald en overgebracht naar het kasteel Hirchstein aan de Elbe. Terzelfdertijd werd het militair bestuur over België door een burgerlijk bestuur vervangen o.l.v. gauleiter Grohé, bijgestaan door SS-generaal Jungclaus. Beide maatregelen moesten de annexatie van België bij Duitsland voorbereiden. Op 7 maart 1945 werd de Belgische koninklijke familie door de SS naar het Oostenrijkse Ströbl overgebracht, waar zij begin mei door de 7e Amerikaanse divisie van generaal Patch zullen worden bevrijd.
Aanvankelijk gedroegen de Duitsers zich correct. Maar de Britse weerstand, de strijd in de Sovjetunie (vanaf 22 juni 1941), de intrede van de Verenigde Staten in de oorlog (7 december 1941), het toenemend voedseltekort, het ontberen van de vrijheid maar de verplichte tewerkstelling in Duitsland vanaf 1942, deden het Belgisch verzet groeien. De voornaamste acties van het verzet bestonden uit:
- het doorspelen van inlichtingen ten behoeve van Groot-Brittannië (de voornaamste inlichtingennetten waren: "Cleveland" of "Clarence" van Walthère Dewé, "Zero" van Fernand Kerkhofs, "Luc" van Georges Leclercq, "Sabot" van P. Bouriez, "Mill" van Adrien Marquet)
- het helpen vluchten van neergeschoten Britse piloten en navigators (ca. 1600!)
- het doden van collaborateurs zodat de vijand als gevolg van die terreur steeds minder steun kreeg op een kleine kern na
- het verzorgen van clandestiene pers (650 verschillende bladen met als orgelpunt de uitgave van een valse "Le Soir" op 9 november 1943) om het moreel van de bevolking hoog te houden
- het saboteren van Duitse aanvoerlijnen (vooral door de groep "G" van de ingenieursfaculteit van de U.L.B.) voor en na de landing in Normandië
- het onderbreken van telefoonverbindingen en elektriciteitstoevoer
- het strijden tegen de Duitse achterhoede tijdens de bevrijding en het leiden van bijvoorbeeld Britse eenheden bij de verovering van de zo goed als volledig intacte haven van Antwerpen
Onder de 15 gewapende verzetsgroepen waren de voornaamste: de "Witte Brigade" van Marcel Lorette, het "Front de l'Indépendence" waarbij de communistische partij zich als groep aansloot, en het "Geheim Leger" dat reeds in juni 1940 door reservekolonel Robert Lentz en door commandant Charles Claser was opgericht. In totaal moesten 16.200 personen de talloze verzetacties met hun leven bekopen. In vergelijking met Nederland was het verzet in België tegen de rechts Nieuwe Orde veel krachtiger geweest. Dat verzet leed in België veel zwaardere verliezen dan in Nederland, maar droeg bij tot de redding van meer dan de helft van de joden, tegenover slechts 20% in Nederland. De verklaring ligt bij de meer rechtse politieke instelling van Nederland: tot 1939 bleven de socialisten er uitgesloten uit de regering en uit de administratie.
Belgische regering en strijdkrachten in Groot-Brittannië
Druppelsgewijs kwamen gevluchte Belgische regeringsleden in Groot-Brittannië aan. De Belgische regering te Londen had het erg moeilijk internationale erkenning af te dwingen. Eens te meer zorgden de inkomsten uit Kongo voor de nodige onafhankelijkheid. Vooral de katholieke minister Albert de Vleeshauwer gaf aanvankelijk gestalte aan de wil tot het verderzetten van de strijd. Enkele andere ministers volgden zijn voorbeeld: Camille Gutt, Hubert Pierlot en Paul-Henri Spaak. Met deze vier ministers werd op 31 oktober 1940 een regering in ballingschap gevormd. Aangezien de koning als krijgsgevangene zijn functies niet meer kon uitoefenen, trok ze in december 1940 de volledige wetgevende en uitvoerende macht naar zich toe. Later werd deze ploeg nog aangevuld met de katholieken Antoine Delfosse en August De Schrijver en met de socialist August Balthazar. Buiten medeweten van de Belgische regering in Londen, sloot de Belgische Union Minière een akkoord met de Amerikanen af voor de levering van uranium uit de Kongolese provincie Katanga. Met deze grondstoffen werden de Amerikaanse kernbommen vervaardigd.
De oude generaal Victor Van Strydonck de Burckel organiseerde reeds in oktober 1940 de eerste Belgische troepen in Groot-Brittannië. Enkele Belgische piloten namen deel aan de Slag om Engeland. Later vormden ze twee eigen smaldelen: het 349ste en het 350ste. Ongeveer 600 Belgen behoorden tot het varend personeel. De Belgische handelsvloot, twee korvetten (Godetia en Buttercup genaamd) en enkele mijnenvegers toonden de Belgische vlag op zee. Hieruit zal in februari 1946 de Belgische zeemacht herrijzen, die in 1927, na het Locarnopact, was afgeschaft. Ongeveer 1800 manschappen maakten deel uit van de gemotoriseerde groepering 'Bevrijding' (of 'Brigade Piron') bevolen door kolonel Jean Piron. Er werd ook nog een kleine commando-eenheid (die zich in Italië, Joegoslavië en Walcheren zullen onderschieden) gevormd alsook een para-eenheid, die later deel uitmaakte van de SAS-brigade (Special Air Service), terwijl circa 500 Belgen als agenten van SOE (Special Operations Executieve) en SIS (Secret Intelligence Service) gedropt werden. Ongeveer 2500 van de 10.000 Belgen bij de Belgische troepen of vloot in Groot-Brittannië sneuvelden.
Tot de Belgische strijdkrachten in Groot-Brittannië behoorden ook zo'n 370 Luxemburgers. De meesten dienden onder een valse Fransklinkende naam. Voor de Duitsers waren zij als "Volksduitsers" immers deserteurs. Na de inlijving van het Luxemburgse leger (Compagnie des Volontaires) in het Duitse leger werden in 1942 12.000 Luxemburgers verplicht dienst te nemen. Circa 340 van hen sneuvelden in Joegoslavië en aan het Oostfront.
Bevrijding en repressie
Tussen 2 en 12 september werd België grotendeels bevrijd, vooral door Canadezen, Polen, Britten en Amerikanen. Op 4 september 1944 trok de Groepering Bevrijding samen met de Britten in een overwinningsparade door de Belgische hoofdstad. Intussen poogde Hitler het tij alsnog in zijn voordeel te doen keren door de massale inzet van zogeheten "Vergeldings-" of V-wapens (V1, V2) vanaf juli 1944. In ons land werden deze vooral tegen de haven van Antwerpen, maar ook tegen Luik ingezet.
Onder meer door de mislukking van operatie Market Garden viel de geallieerde opmars in het najaar van 1944 stil. Gebruik makende van het slechte weer, dat in december 1944 de geallieerde luchtmacht aan de grond hield, poogde Hitler in een gigantisch tegenoffensief met circa 30 divisies doorheen de Belgische Ardennen, de sleutelhaven van Antwerpen te heroveren en de geallieerden terug in zee te verdrijven. Vanuit de startlijn Monschau-Echternach slaagden de Duitsers erin de frontlijn tot op ongeveer 5 km van Dinant te trekken. Voor de inwoners van deze regio herbegon de nachtmerrie, vooral omdat in het kielzog van de Duitse troepen ook Gestapo-eenheden waren gevolgd die zich opnieuw aan gruweldaden te buiten gingen (o.m. te Bande, ten zuidoosten van Marche-en-Famenne). Maar de Amerikaanse troepen in Sankt-Vith en vooral in en rond Bastogne (Bastenaken) o.l.v. brigadegeneraal Antony McAuliffe boden hardnekkig weerstand en weigerden zich over te geven. Door tegenaanvallen vanuit het zuiden en het noorden, en door de mogelijkheid om opnieuw de luchtmacht in te zetten, was de Duitse saillant tegen eind januari 1945 verdwenen en België werd definitief en volledig bevrijd.
De militaire rechtspraak speelde nadien een belangrijke rol bij de repressie. 242 personen werden ter dood veroordeeld en terechtgesteld wegens collaboratie. Ongeveer 10.000 Vlamingen en ongeveer evenveel Walen hadden gestreden aan het Oostfront met de nazi's, vooral in SS Standarte Westland, 27 SS PS Gren Div Langemark en 28 SS PS Gren Div Wallonie (waarvan de meeste officieren onder de Waalse gevangenen in Prenzlau waren gerekruteerd).