Apoptose is belangrijk in de embryonale ontwikkeling, in het immuunsysteem en in alle levende cellen. In de embryonale ontwikkeling zorgt apoptose ervoor dat niet noodzakelijke of ongewenste weefsels verdwijnen. Een voorbeeld hiervan zijn de 'interdigital webs', de 'zwemvliezen', die bij mensen in aanleg aanwezig zijn, maar tijdens de ontwikkeling van het embryo verdwijnen. In het immuunsysteem worden T-cellen die 'eigen' epitopen herkennen en dus ongewenst zijn, tot celdood aangezet door stimulatie van apoptose.

Een cel kan op twee manieren dood gaan. Een manier is necrose; dit is het proces waarbij een cel op een abrupte manier dood gaat. Hierbij wordt de inhoud van de cel, het cytoplasma, in het omringende weefsel vrijgelaten. Dit heeft vaak een activerende werking op het immuunsysteem, waardoor er een onstekingsreactie kan ontstaan.

Een voor een cel meer georganiseerde manier van doodgaan is apoptose. Apoptose heet geprogrammeerde celdood, omdat in elke cel de mechanismen aanwezig zijn, die apoptose mogelijk maken. Als een cel signalen van zijn omgeving ontvangt die de cel tot apoptose dwingen, of als de cel dusdanig veel schade heeft opgelopen dat verder bestaan niet mogelijk is, wordt een intracellulair mechanisme geactiveerd. Dit mechanisme leidt uiteindelijk tot de activatie van proteases, de zogenaamde caspases (cysteine aspartyl protease). Deze eiwitten zetten de cel aan tot het degraderen van eiwitten en DNA. De substraten van de caspases zijn in verspreid over de celkern, het cytoplasma en het cytoskelet.

Een cel die apoptose ondergaat is te herkennen aan een aantal kenmerken. Het duidelijkste morfologische kenmerk is het afsplitsen van kleine bollen cytoplasma met celinhoud (blebbing). Ook kunnen apoptotische cellen worden herkent aan DNA-ladderformatie als gevolg van het degraderen van het DNA.