Hij was een leerling van Anaximenes en zette de natuurwetenschappelijke traditie van Ionië voort. Hij ging naar Athene, wellicht op verzoek van de staatsman Pericles, die van hem alles overnam wat in staat bleek zijn redenaarskunst te bevorderen, zoals Plato vermeldt. Mogelijk heeft hij ook de schrijver Euripides beïnvloed.

Hij heeft dertig jaar in Athene gewerkt; hij was degene die er de filosofie introduceerde. Toen Pericles oud werd, kregen zijn vijanden de overhand. Zij beschuldigden Anaxagoras er van pro-Perzische sympathieën en dat hij de religie niet in praktijk bracht, omdat hij leerde dat de zon een gloeiende steen was, en de maan louter aarde. Hij moest Athene verlaten, en keerde terug naar Ionië. Blijkbaar was er in de koloniën een beter klimaat voor het nieuwe, vrijgevochten denken dan in het moederland met zijn vastgewortelde tradities.

Hij onderwees dat alles is ontstaan uit een onbegrensde hoeveelheid van kwalitatief verschillende oerelementen: de kiemen van de dingen. Omdat in elke kiem alle kwaliteiten aanwezig zijn (Alles is in alles) is overgang van de ene stof in de andere mogelijk, doordat hij meer of minder van een bepaalde kwaliteit krijgt.

Belangrijk is dat hij als eerste een abstract filosofisch begrip heeft ingevoerd: de Nous (spreek uit: noes): een denkende, redelijke, almachtige, maar onpersoonlijke Geest. Dankzij deze geest is er uit de oer-chaos een welgeordende wereld ontstaan. Het lijkt er op dat Anaxagoras deze Nous alleen als eerste beweger beschouwt, die, na de eerste stoot gegeven te hebben, de schepping verder aan zijn lot overlaat. Hij zoekt overal zuiver natuurlijke, mechanische oorzaken.

De levende wezens onderscheiden zich van de dode doordat zij door de Nous bezield worden. Het is dezelfde Nous die mensen en dieren bezielt. De mens lijkt superieur aan de dieren omdat hij handen heeft. De schijnbare verschillen in intelligentie zijn het gevolg van lichamelijke verschillen.